舰队编组的核心在于理解舰船定位与战术协同。首先需明确舰船分为前排抗伤型、中排输出型、后排支援型及载机舰等类别，每类舰船的攻击序列和移动速度差异显著。前排舰船如奇美拉级巡洋舰或ST59需优先强化护甲与结构值，中后排则侧重火力与命中属性。舰队移动速度由最慢舰船决定，因此高速护卫舰与低速战列舰混编时需谨慎。通过蓝图研究解锁子型号并分配技术值，可针对性提升舰船性能，例如将谷神星级驱逐舰的支援型强化维修效率，或为雷里亚特级配置隐身模块实现战术突袭。
资源采集与舰队发展的平衡是长期运营的关键。工程船应优先建造并强化采集技能，初期技术值分配建议1个采集加速+2个仓库强化，后期逐步替换为中级工程船以提升效率。战斗舰队需根据资源储备动态调整规模，避免因过度扩张导致金属、晶体短缺。计划圈的使用需高效规划，例如将多个采矿点连成直线减少策略值消耗，同时注意资源点有采集上限，需定期更换目标。主基地迁移时，前哨站应建造在2级以下矿点以节省资源，并利用其作为曲率移动的中转节点。
舰队实战配置需遵循输出保护与克制链原则。主力舰队建议6艘以上前排舰船形成交叉掩护，中后排搭配永恒风暴级或卡利斯托级等高火力单位。针对敌方载机舰队，可编入光锥级防空巡洋舰或KCCPV2.0脉冲型护航艇。高速拆家队则需集中云海级等攻城特化舰船，利用移动优势骚扰敌方后方设施。需注意维修船在后期战斗中效果有限，仅推荐用于PVE或低强度对抗。增援指令应灵活使用，例如为输出队临时补充ST59增强生存能力。
版本更新与星系限定技术为舰队带来新维度。调校功能允许永久解锁舰船系统的强化项，如炮弹改良或抗冲击结构，需优先投入武器技术到核心舰船。不同星系协议提供的限定技术可改变战局，例如节点恢复协议的阵型协同技术能调整舰船站位，数据抢救协议则提升超主力舰结构值。开拓者需根据协议类型调整舰队配置，例如在特洛伊晶体收集协议中降低巡洋舰指挥值以增加编队灵活性。
