要进入迷失岛2的二周目，首先必须完成一周目的全部主线剧情，包括解开所有核心谜题并击败最终Boss。二周目并非简单重复游戏内容，而是会开启全新剧情线、隐藏谜题以及不同的角色互动机制。系统会在通关一周目后通过过场动画提示二周目开启选项，主菜单将新增开始二周目按钮。需部分关键道具如三角形石块、红色神秘圆块等需在一周目中收集完整，否则可能影响二周目进程。
进入二周目的核心条件包括三项：完成一周目主线剧情、收集特定道具以及达成部分隐藏成就。例如探索者（解锁全地图区域）或解答者（破解所有谜题）等成就可能被设为必要条件。二周目新增的六个三角形石块分布在灯塔二楼、工厂、神庙等场景，需按特定顺序摆放才能解锁密室。工厂内的铁箱机关需放入红色神秘圆块激活，其解谜线索与神庙密室的章鱼图案直接相关，需观察眼睛睁开的位置（通常为第3、5、7、8只）。
二周目流程中需重点关注新增的华容道谜题和密码输入环节。金字塔密室外部的华容道需将红色方块推至出口，而神庙密室墙上的八圆密码锁需输入49180375（通过对比金字塔感谢名单图案与雕像触角数量得出）。将铁锥放入光柱后出现的NPC会提供金字塔密室密码4325，需根据铁棒长度调整机关。这些设计强化了二周目解谜的逻辑连贯性，要求玩家更细致地关联场景线索。
二周目最终阶段需返回金字塔一层密室完成华容道小游戏，通过后触发真正的结局动画。游戏会揭示整个岛屿处于章鱼生物的掌控中，补全一周目未交代的剧情空白。若想达成全成就，还需利用漂流瓶内的数字再次破解灯塔二层的红色箱子获取船票，并将其寄出以解锁邮递员成就。二周目整体难度提升体现在谜题复杂度、道具交互深度及剧情分支选择上，建议玩家在关键节点存档以优化探索效率。
完成二周目后仍可继续自由探索，部分隐藏区域如工厂电路机关、火箭内部舱室等会新增可互动内容。游戏制作组在二周目中埋设了与前作迷失岛1及续作迷失岛3的联动彩蛋，例如神庙密室的笔记本记载、金字塔墙壁的感谢名单等，这些细节进一步丰富了世界观设定。对于追求全成就的玩家，建议反复核查一周目和二周目的道具收集清单，确保无遗漏。
